Фамилия Клипко звучит так, будто её носитель был связан с чем-то маленьким, острым или зажимным. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Клеп, Клепа или Клип. Слово «клеп» в старых русских говорах имело несколько значений: металлический стержень, заклёпка, а также клин или брусок. Человек мог получить такое прозвище за профессию — кузнеца или слесаря, который «клепал» (склёпывал) металл. В переносном смысле «клеп» или «клёпа» — упрямый, несговорчивый человек.

Главная особенность фамилии — суффикс -ко. В украинской, белорусской и южнорусской традиции этот суффикс (как в фамилиях Ковалько, Зайко) указывает на прозвищное происхождение и часто передавал уменьшительность или принадлежность. Таким образом, Клипко — это «сын Клипа» или «маленький Клип». Фамилия закрепилась на территориях, где -ко было продуктивным: в Черниговской, Полтавской, Харьковской губерниях, а также в приграничных русских областях, например, в Курской.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с глаголом «клипать» (мигать, щуриться). В этом случае прозвище Клипко мог получить человек с прищуренным взглядом или тот, кто часто моргал. Однако эта гипотеза слабее, так как глагол редок и не дал массовых фамилий.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Клепиков, Клепачев, Клёпов — показывает, что Клипко стоит особняком из-за суффикса. Если Клепиковы — это потомки человека по имени Клепик (тоже от «клеп»), то Клипко — более прямая, «прозвищная» форма, не прошедшая через типичный русский патронимический суффикс -ов. Это говорит о том, что фамилия сформировалась в среде, где прозвища переходили в фамилии без лишних формальностей, чаще в крестьянской или казачьей среде. Никаких сведений о дворянском происхождении Клипко нет — это фамилия простого люда, ремесленников или земледельцев.