Фамилия Клипков — редкий случай, когда основа слова почти наверняка указывает на конкретное ремесло или занятие. В её основе лежит слово «клип» или «клипа», но не в современном значении «видеоклип», а в старом русском диалектном. В псковских и тверских говорах «клипой» называли деревянный клин, затычку, а также специальный инструмент бондарей — деревянную пробку для закупорки бочек. Соответственно, прозвище Клип или Клипок могли дать бондарю, либо человеку, который делал такие клинья и пробки. Фамилия образована по стандартной патронимической модели: Клипок → Клипков, то есть «сын Клипка».

Суффикс -ов указывает на типичную для центральной России форму фамилии. Однако сама основа нетипична: если фамилии от названий ремесленников (Кузнецов, Бондарев, Плотников) встречаются повсеместно, то «клип» — слово узколокальное. Это значит, что фамилия Клипков, скорее всего, сформировалась на ограниченной территории, в зоне бытования псковских или тверских говоров, и не получила широкого распространения. Встречается она и сегодня редко, что подтверждает её диалектное происхождение.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с личным именем Клип, которое могло быть сокращённой формой от канонического имени Климент (Клим). В этом случае Клип — это просторечный вариант, а Клипков — «внук Клипа». Однако против этой версии говорит то, что от имени Клим фамилии образовывались чаще как Климков, Климов, Клименков. Форма Клипков выглядит как инородное ответвление, и бондарная версия надёжнее.

В документах фамилия фиксируется с XVIII века, в основном в списках крестьян и мещан северо-западных губерний. Клипковы не принадлежали к дворянству, не оставили следов в большой истории, но их фамилия — живое свидетельство того, как местное слово, обозначавшее деревянную затычку, стало родовым именем.