Фамилия Клипуновский образована от аналогичного прозвища, которое восходит к названию деревни Клипуново Ржевского района Тверской области России. Сам топоним, скорее всего, восходит от украинского глагола «клiпати», то есть «мигать», или к диалектному слову «клип» - «чайка». Вполне возможно, что основатель рода Клипуновских был выходцем из этого населенного пункта.