Фамилия Клипуновский — типичный пример «географической» фамилии, которую давали человеку по месту прежнего жительства. В её основе лежит название деревни Клипуново, расположенной в Ржевском районе Тверской области. Формант -ский указывает на дворянское или шляхетское происхождение носителя: в XVIII–XIX веках такие фамилии чаще всего закреплялись за духовенством, помещиками или выходцами из западных губерний, где модель на -ский была особенно распространена.

Происхождение самого топонима Клипуново неоднозначно. Первая версия связывает его с украинским глаголом «кліпати» — «мигать», «моргать». Вторая — с диалектным словом «клип», которое в некоторых русских говорах означает «чайка». Оба варианта объясняют название через характерный признак местности: возможно, болотистый край с частыми вспышками молний или место гнездования птиц. Третья, более прозаичная гипотеза, возводит топоним к личному имени или прозвищу Клип, которое мог получить человек с быстрым взглядом или привычкой часто моргать.

Таким образом, основатель рода Клипуновских, скорее всего, был переселенцем из тверской деревни Клипуново. Переехав в другой уезд или город, он получил прозвище по месту выхода, которое позже закрепилось как фамилия. Фамилия редкая: её носители встречаются в основном в Тверской области и соседних регионах, что подтверждает локальный характер происхождения.