Фамилия Кликунов образована от прозвища Кликун. В основе этого прозвища лежит глагол «кликать» — то есть громко звать, кричать, а в некоторых говорах — петь или плакать навзрыд. В древнерусском языке слово «кликун» имело несколько значений, и чтобы понять, кем мог быть первый носитель фамилии, нужно разобраться в контексте.

Самое вероятное объяснение: Кликуном называли человека с громким, зычным голосом. В крестьянской среде такое прозвище мог получить глашатай или бирюч — тот, кто на сходе или ярмарке объявлял новости, зачитывал указы. Также Кликуном могли окрестить певчего в церковном хоре: в южнорусских и украинских диалектах «кликати» означало «петь», особенно протяжные, обрядовые песни. В этом случае фамилия указывает на род занятий предка.

Менее очевидная, но исторически зафиксированная версия связана с «кликушеством». Кликунами в народе называли людей, страдающих психическими припадками с криками — так называемой «кликушей» чаще была женщина, но и мужчина мог получить такое прозвище. Однако эта версия менее вероятна для фамилии, так как прозвища с негативным оттенком редко закреплялись в официальных документах без иронического или бытового контекста.

Фамилия образована по стандартной восточнославянской модели: основа «Кликун» плюс патронимический суффикс «-ов», означающий «сын Кликуна». Это типичная фамилия-отчество, которая закрепилась в центральных и южных губерниях России. Встречаются однокоренные фамилии: Кликуновский (с польским или украинским суффиксом), Кликушин, Кликачёв. Все они восходят к тому же корню, но различаются диалектными особенностями произношения.

Таким образом, предки Кликуновых с высокой долей вероятности были людьми с сильным голосом — либо церковными певчими, либо глашатаями, либо просто обладателями громкого, «кликучего» нрава, что и дало им прозвище, перешедшее в фамилию.