Фамилия Кликун — яркий пример того, как прозвище, данное за голос или поведение, закрепилось в роду. Её основа — древнерусское слово «кликун», то есть крикун, горлодёр, человек с громким, зычным голосом. В говорах у слова были и более узкие значения: так могли называть не просто крикливого человека, а, например, глашатая, зазывалу на торгу или дьячка, который громко читал псалмы. В северных и сибирских диалектах «кликун» — это ещё и птица, лебедь-кликун, но прозвище, скорее всего, давали людям, а не по птичьей кличке.

Фамилия образована без суффикса, по так называемой «нулевой» модели: прозвище Кликун просто перешло в фамилию. В русской ономастике это характерно для украинских, белорусских и южнорусских фамилий, где часто сохранялась исходная форма без добавления -ов или -ин. Поэтому, хотя носители фамилии встречаются по всей России, её корни, вероятнее всего, лежат в западнорусских или малороссийских землях, где такие бессуффиксные фамилии особенно распространены.

В сословном отношении фамилия не указывает на дворянство или купечество — это типичная крестьянская или мещанская фамилия. Предки Кликунов были, скорее всего, людьми заметными в своей общине: либо обладали громким голосом, что ценилось, например, при работе на реке или в поле, либо занимались делом, где требовалось перекричать шум толпы. В словаре древнерусских прозвищ Веселовского есть упоминание Кликуна как личного имени-прозвища, что подтверждает: слово бытовало в живой речи и легко становилось именем.

Встречается и вариант фамилии с ударением на последний слог — Кликун, и на первый — Кликун. Второй вариант может указывать на северное или уральское происхождение, где ударение часто смещалось. В любом случае, фамилия редкая, не попавшая в массовые списки, и это делает её носителей обладателями не просто звучного, но и исторически конкретного прозвища, которое почти не изменилось за столетия.