Фамилия Кликунас — один из тех случаев, когда за привычным русским ухом звучанием скрывается не славянский, а балтский след. Её основа — литовское слово klikti, что значит «кричать», «вскрикивать», «окликать». Суффикс -унас (-ūnas) — типичный литовский патронимический (указание на происхождение, родство), широко распространённый в Литве и на прилегающих территориях бывшей Речи Посполитой. Таким образом, Кликунас — это «сын Кликуса», где Кликус — прозвище крикуна, глашатая или человека с громким голосом.

Словообразовательная модель проста: литовская основа + литуанизированный суффикс. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, -ин или -ский, которые чаще указывают на принадлежность (чей?), литовский -ūnas буквально означает «потомок кого-то». Именно поэтому фамилия сохранила свою форму без адаптации под русские окончания — её носители либо сами были выходцами из Великого княжества Литовского, либо их предки получили фамилию по балтскому образцу ещё до массовой русификации.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам: чаще всего её можно встретить в Литве, а также в Калининградской области, на северо-западе Беларуси и в некоторых районах Латвии. В России она редка, но встречается среди потомков литовских переселенцев, например, в Сибири (куда ссылали участников восстаний XIX века) или в Псковской области, где веками существовала чересполосица славянского и балтского населения.

Версия о том, что фамилия могла произойти от русского «кликать» с добавлением суффикса -ас (как в украинских фамилиях), маловероятна. Во-первых, суффикс -ас нехарактерен для восточнославянской антропонимии: он встречается в основном в белорусских фамилиях, но там он обычно передаёт мягкость (Кузьмас, Ярмас). Во-вторых, форма «Кликун» (крикун) действительно существует в русских говорах, но от неё образовали бы Кликунов или Кликунский, а не Кликунас. Литовское происхождение объясняет и сохранение ударения на последнем слоге, и сам суффикс.

Что касается социального контекста: прозвище Кликус (от которого пошла фамилия) мог получить не только горлопан, но и деревенский глашатай — человек, который по поручению общины или старосты объявлял новости, собирал народ на сходку или зачитывал указы. В условиях, где письменность была доступна не всем, такая должность была важной и уважаемой. Поэтому предок Кликунас мог быть не просто крикливым, а выполнять общественную функцию, что придаёт фамилии оттенок социальной роли, а не просто характеристики характера.