Фамилия Кликунова — женская форма фамилии Кликунов, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или мирским именем Кликун. В основе лежит глагол «кликать», то есть громко звать, кричать, а в некоторых говорах — плакать навзрыд. Слово «кликун» в старину имело несколько значений. Самое распространённое — это человек, который выполнял роль глашатая или бирюча: выкрикивал на площади указы, новости, оповещал народ. Второе, более тёмное значение, связано с так называемой «кликушей» — человеком, который в припадке истерии или нервного расстройства выкрикивал бессвязные слова. В церковной среде «кликунами» могли называть певчих на клиросе, хотя это слово менее употребительно.

Модель образования фамилии типична для северных и центральных областей России: основа на «-ун» (как Болтун, Говорун) плюс типичный русский суффикс принадлежности «-ов». Первоначально Кликунов — это «сын Кликуна», то есть потомок человека, носившего такое прозвище. Суффикс «-ун» в русских прозвищах часто указывал на яркую, заметную черту характера или поведения, поэтому предок, скорее всего, выделялся звонким голосом или привычкой громко разговаривать.

Интересная деталь: фамилия Кликунов (и, соответственно, Кликунова) почти не встречается в южных и западных регионах России. Основной ареал — Вологодская, Архангельская, Костромская области, а также Поволжье (Нижегородская область, Чувашия). Это косвенно подтверждает связь с северной традицией мирских имён и прозвищ, где «кликун» могло быть не обидной кличкой, а функциональным описанием — например, человека, который звал коров или работал на судовой перекличке.

Встречается и редкий вариант трактовки: от слова «клика» — род, семейство, но эта версия слабая, так как слово «клика» в значении «группа» закрепилось в языке позже и не дало устойчивых прозвищ. Правдоподобнее всего — звуковая, голосовая характеристика предка.