Фамилия Клыгунов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа, «клыгун», не встречается в современных словарях русского литературного языка, и это сразу указывает на то, что корень слова — диалектный, профессиональный или искажённый. Разберёмся, откуда он мог взяться.

Первая и наиболее вероятная версия связывает фамилию с глаголом «клыгать» или «клыкать» — в некоторых южнорусских и украинских говорах это означало «хромать», «припадать на ногу». Соответственно, «клыгун» — человек с хромотой, тот, кто ковыляет. Суффикс -ун в русских прозвищах часто указывал на носителя характерного признака или действия: говорун, бегун, ворчун. В этом ряду «клыгун» — прозвище по физической особенности. Фамилии от таких прозвищ (Клыгунов, Клыганов) могли закрепиться за человеком или его потомками, даже если хромота со временем прошла.

Вторая версия менее распространённая, но тоже имеющая право на существование: основа «клыг» может быть вариантом слова «клык». В некоторых говорах «клыг» или «клыга» — это торчащий зуб, клык, а иногда и вообще острый выступ. Тогда «клыгун» — человек с заметными клыками, с выступающими зубами, либо же обладатель резкого, «зубастого» характера. Такие прозвища по внешности давали охотно, и они легко переходили в фамилии.

Суффикс -ов в окончании указывает на типичную русскую модель образования: «чей?» — Клыгунов, то есть сын или потомок Клыгуна. Фамилия могла возникнуть в среде крестьян или посадских людей, где прозвища были особенно живучи. Географически корни, скорее всего, стоит искать в южных областях России или на границе с Украиной, где фиксируются подобные диалектные формы.

Третья, совсем гипотетическая версия — связь с тюркскими языками, где есть корни, звучащие как «клык» или «клыг» (например, «клыч» — меч, сабля). Но в случае с Клыгуновым это маловероятно, так как типично славянский суффикс -ун плохо сочетается с тюркской основой, и фамилия не имеет характерных признаков заимствования.

Таким образом, с высокой долей вероятности Клыгунов — это «сын хромого» или «сын клыкастого». Фамилия редкая, и её носители, скорее всего, происходят из одного локального рода, где прозвище закрепилось несколько веков назад.