Фамилия Клыгин происходит от прозвища Клыга. Его основа — диалектное слово «клыга», которое в рязанских, тверских и владимирских говорах означало «брага». Это прямой ключ к пониманию фамилии: прозвище указывало на род занятий или пристрастия человека. Скорее всего, Клыгой называли либо хозяина трактира, либо того, кто сам варил хмельной напиток. Впрочем, могли дать такое прозвище и любителю выпить — по характерной привычке.

Менее убедительной выглядит версия, связывающая прозвище с белорусским словом «клыгат» — «раскачивание». Связь с конкретным ремеслом или бытовой чертой гораздо правдоподобнее, чем абстрактный образ походки.

Суффикс -ин указывает на типичную русскую модель образования: «чей?» — «сын Клыги». Так прозвище, закрепившееся за главой семьи, перешло в наследственное именование для потомков. Фамилия Клыгин — не про географию и не про сословие, а про конкретное занятие или вкус, который заметили окружающие.