Фамилия Клисенок — яркий пример того, как белорусская и украинская модель словообразования может закрепиться в русском ономастиконе. Её сердцевина — суффикс -енок, который в восточнославянских языках имеет значение «маленький, сын, потомок». То есть Клисенок — это буквально «маленький Клис» или «сын Клиса». Такие фамилии были типичны для крестьянского сословия на землях современной Беларуси и западной Украины, где патронимические прозвища на -енок/-онок часто становились наследственными без дополнительного оформления.

Основа фамилии — Клис — может восходить к нескольким источникам. Самая вероятная версия: это сокращённая или обиходная форма от христианского имени Климент (от лат. clemens — «милостивый, снисходительный»). В народной речи имя Климент превращалось в Клим, Климуха, а в диалектах — и в Клис. В пользу этой версии говорит то, что фамилии с корнем Клим- широко распространены, а Клисенок — их редкая фонетическая разновидность.

Вторая, менее очевидная гипотеза, связывает прозвище Клис с диалектным глаголом «клисать» — в некоторых южнорусских и белорусских говорах так называли хромать, прихрамывать. Если предок получил прозвище из-за походки, то фамилия могла бы указывать на его физическую особенность. Однако эта версия уступает первой по распространённости: в исторических документах и переписях Клисы встречаются почти исключительно в контексте производных от Климента.

Примечательно, что фамилия Клисенок почти не встречается в центральных и северных областях России — её ареал тяготеет к западу: Брянская, Смоленская области, а также Витебщина и Могилёвщина. Это подтверждает её западнорусское происхождение. Носители фамилии, скорее всего, были потомками крестьян или мещан, чьё прозвище закрепилось за родом в XVI–XVII веках, когда в этих землях активно формировались фамильные прозвания.