Фамилия Клисичко — редкий случай, когда суффикс выдаёт географию вернее, чем корень. Типичное окончание «-ко» выдаёт в ней украинскую или белорусскую фамилию, образованную по той же модели, что и Шевченко, Коваленко, Ткаченко. Только основа здесь не от профессии, а от личного имени или прозвища.

Корень «Клис-» скорее всего восходит к уменьшительной форме имени Климент (в народном произношении — Клим). На Украине и в Беларуси Клима часто называли Клись, отсюда и пошли фамилии вроде Клисик, Клисин, Клисичко. Суффикс «-ичко» в украинской ономастике — один из вариантов патронимического суффикса, обозначающего «сын такого-то». То есть Клисичко буквально значит «сын Клися» (Клима). В польском языке похожая модель дала бы форму Клисич, но «-ко» — это уже восточнославянская черта.

Вторая, менее вероятная версия — от глагола «кликать» (звать, называть). В некоторых говорах «клись» могло означать крикуна или того, кто громко зовёт. Но такое прозвище не зафиксировано в словарях, поэтому версия с именем Климент выглядит убедительнее.

Фамилия очень редкая. В современных базах данных носители Клисичко встречаются в основном в западных областях Украины — Волынской, Ровенской, Львовской. Это подтверждает и ареал бытования суффикса «-ичко»: он характерен именно для западноукраинских говоров, тогда как на востоке Украины чаще встречаются формы на «-енко».

В дореволюционных метрических книгах фамилия могла записываться по-разному: Клисичко, Клисичко, Клисичко. Вариативность написания — обычное дело для фамилий, которые долго бытовали только в устной речи. Первые письменные фиксации, скорее всего, относятся к концу XVIII — началу XIX века, когда на Правобережной Украине проводили массовые переписи населения после разделов Речи Посполитой.

По сословной принадлежности предки Клисичко, судя по географии, были, скорее всего, крестьянами или мещанами. Шляхетских родов с такой фамилией не известно.