Фамилия Клисухина — одна из тех редких русских фамилий, чья основа уходит в диалектную лексику, а не в церковное имя или профессию. Она образована от прозвища Клисуха, которое, скорее всего, происходит от глагола «клисуть» или «клисать». В северных и сибирских говорах эти слова означали «плести, делать что-то небрежно, кое-как» или «шататься без дела». Соответственно, Клисухой могли прозвать нерадивого работника, лентяя или человека, который «халтурил» — делал работу наспех, плохо.

Модель образования у фамилии классическая: прозвище на -уха (как Болтуха, Ворчуха) плюс патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Клисухин, то есть сын или потомок Клисухи. Фамилия закрепилась в мужской форме Клисухин, а Клисухина — это женская форма, которая в современном обиходе чаще всего означает женщину, носящую эту фамилию по мужу или отцу.

Примечательно, что в русской ономастике прозвища с суффиксом -уха часто имели ярко выраженную отрицательную или ироничную окраску. В отличие от фамилий, образованных от мирских имён (например, Клим — Климшин), основа «клис-» не имеет очевидной связи с крестильными именами. В словаре Б. Унбегауна или В. Никонова прямых аналогов этой фамилии нет, что подтверждает её локальный, диалектный характер.

Встречается фамилия Клисухин в основном в центральных и северных областях России, но она редкая. Носители могли происходить из крестьянской среды, где меткое прозвище закреплялось за родом из-за какой-то бытовой черты предка. Вторая, менее вероятная версия связывает прозвище с диалектным «клис» — щель, трещина, но тогда прозвище дали бы худому или щеголеватому человеку (от слова «клиш» — щеголь), что тоже возможно, но менее подтверждено лексикой.

Таким образом, Клисухина — фамилия-характеристика, которая прямо говорит о том, каким был её первый носитель, и сохранила в себе живую народную речь, почти утраченную в современном языке.