Фамилия Кисаковы образована от прозвища или имени Кисак. Это редкая модель: основа Кисак- наращивается типичным русским суффиксом -ов, указывающим на принадлежность («чей?» — сын Кисака). В отличие от фамилий на -ин, где основа оканчивается на -а/-я, здесь работает правило: Кисак + ов = Кисаков. Множественное число Кисаковы закрепилось, когда фамилию стали передавать по наследству всей семьёй.

Корень кис- в русских прозвищах многозначен. Самая прямая версия — от слова «кислый»: так могли называть человека с кислым выражением лица, ворчливого или, наоборот, любителя кислой пищи (кваса, щавеля, солений). В северных и сибирских говорах «кислый» иногда означало «печальный, скучный», что тоже могло стать прозвищем. Вторая версия — от глагола «кисать» (в диалектах — «бросать, кидать»), но она менее вероятна, так как в основе прозвищ редко лежат глаголы без суффикса.

Суффикс -ак в основе Кисак — типичный для русских прозвищ (ср. Чужак, Глушак, Молчак). Он придаёт слову оттенок характерности: Кисак — тот, кто постоянно кислый или связан с кислым. В некоторых регионах -ак могло быть просто уменьшительным, но для антропонимов чаще работает первое значение.

Географически фамилия Кисаковы редка и не имеет ярко выраженного ареала. В дореволюционных переписях она встречается эпизодически, в основном в центральных губерниях и на Урале — там, где были сильны прозвищные традиции. Встречается и вариант Кисаков без родового окончания -ы, но Кисаковы — форма, указывающая на целый род. Социально предки могли быть крестьянами или мещанами: фамилии на -ов у непривилегированных сословий закрепились в XVII–XIX веках.

Однокоренных фамилий немного: Кислов, Кисляков, Кисловский. Кисаковы стоят особняком — у них не суффикс -л- или -ляк-, а редкий -ак-, что делает фамилию более архаичной и прозвищной по звучанию. Если ваш предок носил прозвище Кисак, он, скорее всего, был заметен характером или бытовой привычкой — в отличие от более «нейтральных» Кисловых, чья фамилия могла возникнуть и от названия реки Кисла.