Фамилия Кишибадзе — яркий пример грузинской антропонимической модели. Её выдают два маркера: финаль «-дзе» (дословно «сын») и основа «Кишиба». В Грузии фамилии на «-дзе» особенно распространены в западных регионах — Имеретии, Гурии, Аджарии, а также в Раче. И хотя точную привязку к конкретному селу установить трудно, сама структура фамилии говорит о древности: такие фамилии начали складываться ещё в XI–XIII веках, но массово закрепились к XV–XVI векам.

Основа «Кишиба» — неочевидная для русского уха. Скорее всего, это разговорная или диалектная форма мужского имени Киши, которое, в свою очередь, восходит к тюркскому «киши» — «человек», «мужчина». В грузино-тюркском пограничье (например, в Аджарии или Квемо-Картли) такие заимствования не редкость. Альтернативная версия — что «Киши» это сокращение от полного имени Кишварди или Кишиа, но она менее распространена. В любом случае, перед нами патроним: Кишибадзе — «сын Киши» или «потомок Киши».

Вторая версия, более прозаичная, связывает основу с прозвищем. В грузинских говорах «киши» могло означать «ворчун», «брюзга» или «человек с тяжёлым характером». Если так, то фамилия пошла не от имени, а от уличного прозвища родоначальника. Такое бывало нередко: в горных районах, где фамилии закреплялись позже, прозвища легко становились родовыми. При этом суффикс «-ба» в основе — редкий для грузинских фамилий. Он может быть искажением тюркского «-бай» («богатый», «господин»), что даёт ещё один смысловой слой: «сын богатого Киши».

В русском языке фамилия Кишибадзе не склоняется, если принадлежит мужчине (Иван Кишибадзе), и тем более — женщине (Анна Кишибадзе). В грузинской традиции склонения тоже нет, но при обращении к носителю в Грузии часто используют форму «Кишибадзе» без изменений. Встречаемость фамилии невысока: в основном она фиксируется в Грузии и среди грузинских диаспор в России, Турции и странах Европы. Известных исторических деятелей с этой фамилией в открытых источниках не зафиксировано, что типично для патронимов, не попавших в дворянские родословные книги.