Фамилия Кишлалы — одна из тех, что сразу выдают географическое происхождение носителя. Она явно тюркская, и её основа — слово «кишлак» (или «кышлак»), которое в языках тюркской группы означает «зимовье», «зимнее стойбище» или просто «селение». В Средней Азии, Казахстане, Азербайджане и у ряда тюркских народов России кишлаком называли постоянное поселение, в отличие от временного летнего кочевья (айлака или джайлау). Таким образом, прозвище Кишлалы могли дать человеку, который жил в таком селении, или выходцу из конкретного места с похожим названием.

Фамилия образована по тюркской модели с аффиксом принадлежности -лы (или -ли). Этот суффикс в тюркских языках часто указывает на обладание чем-либо или принадлежность к местности: «кишлаклы» буквально означает «имеющий отношение к кишлаку», «кишлачный», «житель кишлака». В русской записи фамилия закрепилась в форме «Кишлалы», где конечный гласный «ы» — это либо результат адаптации тюркского «-ли» под русское произношение, либо указание на множественное число (например, «из рода кишлакских»). Встречаются и варианты написания: Кишлали, Кишлалы́ (с ударением на последний слог), а также фамилии, образованные от того же корня — Кишлаков, Кишлакбаев.

Сословного барьера у фамилии не было: её могли носить и крестьяне-земледельцы в оседлых кишлаках, и ремесленники, и позже — люди, получившие фамилию при паспортизации в советское время. Поскольку кишлаки распространены в Узбекистане, Таджикистане, Киргизии, Туркменистане, а также у каракалпаков и некоторых групп татар, географический ареал фамилии — в основном Средняя Азия. В России она редка и встречается преимущественно у потомков переселенцев из этих регионов.

Если копнуть глубже, в некоторых тюркских диалектах «кыш» — это «зима», а «кышлау» — «зимовать». Поэтому прозвище Кишлалы могло изначально относиться к человеку, который не кочевал летом, а оставался на зимовке круглый год, то есть вёл оседлый образ жизни — в глазах кочевников это было отличительной чертой. Так что предок носителя этой фамилии с высокой вероятностью был жителем постоянного селения, а не скотоводом-кочевником.