Фамилия Кышлалы — редкий случай, когда географическая привязка и тюркское прозвище слились воедино. В основе лежит турецкое существительное kish («зима») и прилагательное lali, что в сумме даёт «зимний» или «относящийся к зиме». Однако это не просто описание времени года: Кышлалы — это прозвище, которое давали человеку, жившему в кышлаке (зимовье, зимнее пастбище). У тюркских народов так называли постоянное поселение, где скотоводы оставались на холодное время года, в отличие от летних кочевий.

Словообразовательная модель здесь необычна для русской ономастики. Фамилия не получила типичного славянского суффикса (-ов, -ин, -ский), а сохранила тюркский формант -лы, который в тюркских языках образует прилагательные со значением обладания («имеющий отношение к»). Так же устроены фамилии типа Карасаев, Байрамкулов, но Кышлалы стоит особняком: это почти калька с тюркского этнонима или топонимического прозвища, которое закрепилось как фамилия без переработки.

Географически фамилия тяготеет к регионам с сильным тюркским субстратом — Крым, Северный Кавказ, Поволжье. Встречается она редко, что говорит о её локальном происхождении. Вероятно, предок носителя был выходцем из конкретного кышлака — зимнего поселения, и прозвище «Кышлалы» означало «тот, кто из зимовья». В русской среде такие прозвища могли фиксироваться в документах XVI–XVII веков, когда служилые татары и башкиры переходили на оседлость и получали фамилии по месту прежнего обитания.

Споров вокруг этимологии почти нет: тюркская основа прозрачна. Единственная альтернативная версия — связь с личным именем Кышлал (гипотетическим), но она слабее, так как имя с таким корнем не зафиксировано в антропонимиконах. Правдоподобнее, что Кышлалы — это прозвище-локатив, которое со временем превратилось в фамилию, минуя стадию отчества. В этом её уникальность: она сохранила архаичную тюркскую словоформу, не адаптированную под русские суффиксы.