Фамилия Кишулько — это пример того, как в основе прозвища может лежать не только внешность или характер, но и конкретное занятие. Словообразовательный суффикс -ко (в украинской традиции он часто смягчается до -ько) указывает на происхождение с запада или центра Украины: такие фамилии особенно распространены в Правобережной Украине, на Волыни и в Подолье.

Сам корень связан с украинским словом «кiшка» — «кошка». Тут возможны два пути возникновения. Первый — прозвище по повадкам: Кишулько могли назвать человека ласкового, льстивого, а может, и плутоватого, — того, кто «крадется, как кошка». Второй вариант — прозвище по ремеслу. Кишулько мог быть кошкодавом, то есть торговцем, который разъезжал по деревням и менял мелкий товар на кошек, чтобы потом пустить их на мех. В XIX веке такой промысел был обычным делом в украинских сёлах, и прозвище цепко держалось за человека, занимавшегося этой не самой почтенной, но прибыльной работой.

Менее вероятно, но не исключено, что в основе лежит диалектный вариант имени Кирилл (Киша, Кишка) или польское Kiszka (колбаса, кишка), но связь с кошкой и кошачьим промыслом выглядит убедительнее — она опирается и на живую украинскую лексику, и на бытовые реалии. Фамилия редкая, в дореволюционных метрических книгах встречается в основном в Волынской и Киевской губерниях.