Фамилия Кишунас звучит для русского уха необычно, и это прямой ключ к её происхождению. Она образована от прозвища, а само прозвище, скорее всего, связано с литовским словом kišenė — «карман». Это сразу даёт две возможные, но не противоречащие друг другу версии.

Первая версия — характеристика человека. Карман в переносном смысле мог указывать на бережливого или зажиточного хозяина, который «держит карман шире» или, наоборот, крепко его зажимает. Прозвище могло закрепиться за тем, кто умел копить и приумножать.

Вторая версия — профессиональная. Прозвище «Карман» могли дать портному или швецу. В этом случае фамилия Кишунас — типичное для литовской традиции именование по ремеслу, где суффикс -ас (-as) указывает на принадлежность или характерный признак. Таким образом, основатель рода мог быть человеком, который шил одежду, и карман был его рабочей деталью, а возможно, и товарным знаком.

Литовский суффикс -унас (-ūnas) в фамилии Кишунас — редкая для русского уха, но распространённая в балтийских языках модель. Он часто образовывал фамилии от прозвищ, указывая на потомка или носителя признака. Встречается такая форма преимущественно на территории исторической Литвы и прилегающих районов Беларуси и Польши, где литовский ономастикон оставил свой след. В русском окружении фамилия не получила типичных окончаний -ов или -ин, сохранив исходную балтийскую форму, что говорит о сравнительно позднем переходе носителей в русскоязычную среду.

Слово «карман» в литовском языке имеет и другие оттенки, например, «кошелёк» или «мошна». Это допускает, что прозвище могло относиться не только к портному, но и к меняле, ростовщику или торговцу, который носил деньги в особом кошеле. Однако швейная версия остаётся самой прямой и правдоподобной: назвать человека по предмету его труда — один из древнейших способов дать фамилию.