Фамилия Кишун звучит на южнославянский лад, и это первая зацепка. В русском языке она редкая, а её основа — «киш» — отсылает к украинскому, белорусскому или польскому «кишка» (кишка). Но не спешите с выводами: прозвище Кишун могли дать не только худому, тощему человеку. В диалектах слово «киш» означало и «внутренности», и «потроха», и даже «мешок» или «сумку». Так что предок мог быть либо очень стройным, либо заниматься разделкой туш — мясником или колбасником.

Суффикс -ун в фамилии — активная словообразовательная модель в украинском и белорусском. Он образует прозвища по характерному действию или свойству: бегун, крикун, молчун. Кишун — тот, кто «кишит», то есть суетится, копошится, возится с мелочами. В некоторых говорах «кишун» — это ещё и насекомое-паразит, например клоп или блоха, но вряд ли прозвище давали по такому смыслу — скорее, по поведению: непоседа, хлопотун.

Географически фамилия привязана к западнорусским землям. Встречается в Беларуси, на Украине (особенно в Волынской и Ровенской областях) и в приграничных районах Польши. В России редка, чаще всего у потомков переселенцев с этих территорий. В дореволюционных переписях Кишуны записаны в основном как крестьяне или мещане — типичная среда для прозвищных фамилий, которые закреплялись в XIX веке при массовом присвоении фамилий бывшим крепостным.

Ударение, скорее всего, на последний слог — Кишу́н, хотя в русской среде могли переставить на первый. Написание устойчиво: с буквой «ш», а не «щ», что подтверждает южнославянское или западнорусское происхождение. Родственные фамилии — Кишко, Кишковский, Кишеня — все они от той же основы «киш», но с разными суффиксами, что говорит о распространённости прозвища в прошлом.

Других версий, например от тюркского корня или от личного имени, нет оснований рассматривать: фамилия слишком прозрачно ложится на славянскую лексику. Если ваш предок — Кишун, он, вероятно, был подвижным, деятельным человеком из западных губерний, а его прозвище не несло обидного оттенка, а скорее описывало характер.