Фамилия Кишкун — редкий пример, когда географическое название почти наверняка перешло в фамилию без посредников, минуя стадию прозвища. Основа здесь — венгерский топоним Кишкун (венг. Kiskun), который входит в состав названия региона Кишкуншаг (Kiskunság) на юге центральной Венгрии. Дословно «кишкун» переводится как «малый куман» или «малый половец» — слово «кун» (kun) в венгерском языке обозначает половцев (куманов), которые осели в этих землях в XIII веке. Таким образом, носитель фамилии Кишкун мог происходить из местности, населённой потомками половцев, или быть выходцем из конкретного поселения с таким названием.

Словообразовательная модель проста: фамилия не получила типичного русского суффикса (-ов, -ин, -ский), а перешла в неизменной форме. Это характерно для фамилий, которые возникли в среде, где смешивались русские, украинские и польские традиции фиксации иностранных названий. Суффикс -ун в русском языке обычно указывает на деятеля (бегун, говорун), но в данном случае он часть венгерского корня, и попытки трактовать «Кишкун» как прозвище от «кишка» или «кишк» ошибочны: они не выдерживают фонетической проверки, так как венгерское произношение твёрдое и краткое.

В Российскую империю фамилия могла попасть несколькими путями. Первый — через выходцев из Австро-Венгрии, особенно после разделов Речи Посполитой, когда земли с венгерским населением вошли в состав империи. Второй — через еврейское население Галиции и Буковины, где фамилии по названиям городов и областей давали массово в конце XVIII — начале XIX века. Венгерские топонимы нередко становились основой для еврейских фамилий, и Кишкун мог быть записан австрийским чиновником как фамилия семьи, переехавшей из Кишкуншага.

С точки зрения географии, фамилия Кишкун встречается в основном в западных регионах бывшей Российской империи — на Украине, в Белоруссии, а также в Польше. В России она редка, и её носители чаще всего имеют корни из тех областей. Социальный контекст: фамилия не указывает на дворянское происхождение — скорее всего, предки были мещанами или крестьянами, получившими фамилию по месту прежнего жительства при переписи. Никаких известных исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано, что только подтверждает её сугубо локальный, «географический» характер.