Фамилия Киркун — один из тех редких случаев, когда фамилия не просто прозвище, а прямая запись профессии, причём профессии, которая в русском языке почти не сохранилась. В её основе лежит украинское или южнорусское слово «киркун» или «киркач» — так называли мастера, работающего киркой. Это мог быть и шахтёр, добывающий руду, и каменотёс, и строитель, пробивающий скальные породы. В отличие от более распространённых фамилий на -ов, здесь мы видим типично украинский суффикс -ун, который образует названия деятелей: «стригун» (стригаль), «бігун» (бегун), «киркун» — тот, кто орудует киркой.

Словообразовательная модель не оставляет места для сомнений: перед нами не отчество и не топоним, а профессиональное прозвище, которое закрепилось за родом. Интересно, что в русских говорах слово «киркун» встречается редко, чаще бытовало «кирщик». Это сразу указывает на географию фамилии — скорее всего, её носители происходят с Украины, из южных областей России или из тех регионов, где была развита горнодобыча или каменные работы: Донбасс, Криворожье, Урал. В польском языке есть аналогичное «kierkun», что тоже подтверждает западно- и южнославянские корни.

Версия о происхождении от тюркского слова «киркун» (что-то вроде «сорок» или «сороковой») маловероятна и не имеет под собой серьёзной ономастической базы — ни один из известных словарей (Унбегаун, Никонов, Веселовский) не фиксирует такую связь. Фамилия Киркун не была дворянской и не встречается в родословных книгах, её носители — в основном крестьяне и ремесленники, что полностью соответствует прозвищному происхождению.

Сейчас фамилия остаётся довольно редкой, её можно встретить в Украине, Беларуси и южных областях России. В написании возможен вариант «Киркун» с ударением на последний слог, что тоже характерно для украинской модели. Если ваш предок носил эту фамилию, он почти наверняка был человеком физического труда, связанного с камнем или землёй — кирка была его основным инструментом.