Фамилия Кирку — один из тех редких случаев, когда географический и языковой контекст важнее морфологии. В русской среде она почти не встречается, а её основа — не славянская и не тюркская, что сразу указывает на иноязычное происхождение носителей.

Скорее всего, фамилия Кирку имеет молдавские или румынские корни. В румынском языке слово «cârcă» означает «загривок» или «шея», а в переносном смысле — «упрямство», «норов». Суффикс «-у» (как в фамилиях Кодряну, Крецу) — типичный румынский показатель фамилий, часто образованных от прозвищ. Таким образом, Кирку могло быть прозвищем упрямого, своенравного человека или того, кто имел какую-то особенность в строении шеи или осанке.

Менее вероятная, но возможная версия — литовская. В литовском языке «kirkė» — это «перепелка», а «kirkus» — «крикливый». Фамилия могла закрепиться за выходцами из Литвы или Беларуси, где фамилии на «-у» встречаются у балтского населения. Однако в отличие от румынского варианта, где «-у» — это стандартный фамильный суффикс, в литовском он скорее исключение, и такие фамилии обычно оканчиваются на «-ис», «-ус» или «-ас».

В польском языке есть слово «kierkut» — так называли еврейское кладбище (от идиш «кирхут»). Но превращение топонима в фамилию Кирку маловероятно: обычно от таких названий образовывали фамилии с суффиксом -ский (Киркутский). Эта версия слабая, но её иногда упоминают в любительской ономастике.

С точки зрения русского языка, фамилия Кирку стоит особняком: она не склоняется, не имеет типичных суффиксов -ов, -ин или -ский. Это значит, что её носители — скорее всего, потомки выходцев из Молдавии или Румынии, которые переселились в Россию или на Украину в XIX–XX веках. Встретить Кирку можно на юге Украины, в Одесской области, а также в Молдавии и среди молдавской диаспоры в России.