Фамилия Киркунова — женская форма фамилии Киркунов, и её происхождение стоит искать в мужском прозвище или имени, лёгшем в основу. Сама основа «Киркун» звучит необычно для русского уха, и это сразу подсказывает: перед нами нестандартная модель образования.

Скорее всего, Киркун — это вариант имени или прозвища, образованного от крестильного имени Кирилл. В русских говорах имя Кирилл часто сокращали и переделывали: Кир, Кира, Кирка, Кирюха. Суффикс -ун в таких случаях (Кирк- + -ун) мог придавать прозвищу оттенок деятеля или просто служить для образования фамильного прозвания. Сравните: Кирилл — Кирюн — Киркун. Подобная модель встречается и в других фамилиях: от имени Иван — Ванюн, от Петр — Петрун.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная: связь с тюркскими языками. В некоторых тюркских наречиях «киркун» может означать «сорок» или быть частью сложного имени. Однако для фамилии, бытующей преимущественно в русской среде (особенно на Урале и в Сибири, где встречаются Киркуновы), первая версия — из имени Кирилл — выглядит гораздо естественнее. Суффикс -ов/-ев указывает на принадлежность: Киркунов — сын Киркуна.

Если у вас фамилия Киркунова, ваши предки, скорее всего, получили её от человека с прозвищем Киркун. Этот человек мог быть сыном или внуком Кирилла, которого в быту называли уменьшительно-ласкательно, но с характерным местным окончанием. Никаких указаний на дворянское или купеческое происхождение у этой фамилии нет — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, которая закрепилась где-то в XIX веке при переписях населения.