Фамилия Киркунов образована от прозвища Киркун. В русских говорах, особенно северных и сибирских, «киркун» — это крикливый, шумный человек, задира или тот, кто постоянно «киркает» (кричит, бранится). Основа здесь — звукоподражательный глагол «киркать», родственный «курлыкать» или «кыркать» (издавать резкие звуки). Модель образования проста: прозвище на -ун (как Болтун, Молчун, Говорун) плюс типичный русский суффикс принадлежности -ов. То есть Киркунов буквально «сын Киркуна», потомок человека с таким прозвищем.

Версия о связи с тюркскими корнями (от «кирк» — сорок или «кырк» — рубить) менее вероятна. Во-первых, фамилия встречается преимущественно в регионах с исконно русским населением — в Архангельской, Вологодской, Кировской областях. Во-вторых, суффикс -ун характерен именно для русских прозвищ, описывающих характер или поведение, а не для заимствованных основ. Если бы корень был тюркским, фамилия скорее имела бы вид Кирков или Киркызов.

Интересная деталь: в старых писцовых книгах можно встретить форму «Киркун» без фамильного суффикса — это прямое прозвище, которое ещё не стало наследственным. Например, в переписи населения Вятки XVII века упоминается крестьянин Киркунко Иванов — именно такие записи и легли в основу фамилии. Со временем прозвище закрепилось за родом, и потомки стали писаться Киркуновыми. Сословно фамилия не элитарная: её носили крестьяне, реже — посадские люди, никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Фамилия редкая, но не уникальная — есть однокоренные Киркушин, Киркачёв, Киркин. Все они восходят к той же звуковой основе, но с разными суффиксами. Киркунов стоит особняком благодаря прозрачной внутренней форме: даже сейчас носитель фамилии может догадаться, что его предок был человеком с громким голосом и неспокойным нравом.