Фамилия Кишкунов — одна из тех, где за внешне простым звучанием скрывается сразу несколько возможных историй, и выбрать единственную непросто. Словообразовательная модель здесь прозрачна: основа «Кишкун» плюс типичный русский суффикс принадлежности -ов, дающий ответ на вопрос «чей?» — то есть сын или потомок Кишкуна. А вот что означало само прозвище Кишкун, спорят до сих пор.

Самая прямая версия отталкивается от слова «кишка» в значении «брюхо, желудок». В этом случае Кишкуном могли прозвать любителя плотно поесть или просто полного человека. Важно помнить, что в старину полнота не считалась недостатком — наоборот, это был зримый признак здоровья и достатка, так что прозвище могло быть скорее описательным, чем обидным.

Вторая гипотеза уводит в другую сторону — к украинскому «кiшка», то есть «кошка». Здесь прозвище могло попасть в разряд «профессиональных» именований. Кишкунами в некоторых областях называли кошкодавов — торговцев, которые разъезжали по деревням и меняли мелкий товар на кошек, чтобы потом пустить их шкурки на мех. Но есть и более мягкое толкование: так могли прозвать ласкового, льстивого человека, чьи повадки напоминали кошачьи.

Однокоренные прозвища были на Руси довольно популярны. В труде историка С. Б. Веселовского «Ономастикон» упоминается Кишка, крестьянин начала XV века из Переяславля, а также Кишкины — род, известный с конца XV века в Новгороде и Можайске. Отдельно зафиксирован Василий Иванович Молчанов-Кишкин (1566 год, Можайск). Эти записи показывают, что основа «кишк-» встречалась в разных вариациях, и Кишкун мог быть одной из местных или уменьшительных форм.

Географически фамилия редкая и не имеет чёткой привязки к одному региону. Скорее всего, её носители рассеяны по центральным и южным областям России, где пересекались русские и украинские диалектные влияния. Именно эта двойственность — «живот» или «кошка» — и делает разбор фамилии Кишкунов по-настоящему неоднозначным. Потомок человека с прозвищем Кишкун со временем получил фамилию, которая закрепилась в документах и передавалась по наследству.