Фамилия Кишкунов образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. По одной из версий, прозвище Кишкун восходит к слову «кишка» в значении «брюхо, желудок». Вероятно, так могли прозвать того, кто любил поесть, полного человека. Однако следует отметить, что в старину полнота считалась признаком здоровья и достатка. Согласно другой гипотезе, это прозвище восходит к украинскому слову «кiшка» - «кошка». В таком случае оно относится к числу «профессиональных» именований. В старину Кишкунами называли кошкодавов, торговцев, разъезжавших по деревням и менявших мелочной товар на кошек, из которых потом выделывали мех. Но так могли называть и ласкового, льстивого человека. Однокоренные прозвища в старину были довольно популярны. Веселовского упоминаются: Кишка, крестьянин, начало XV в., Переяславль; Кишкины, конец XV в., Новгород и Можайск; Василий Иванович Молчанов-Кишкин, 1566 г., Можайск. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Кишкун, со временем получил фамилию Кишкунов. О точном месте и времени возникновения фамилии Кишкунов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Кишкунов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.