Фамилия Кишкуновы — прозвищного происхождения, но точное значение прозвища Кишкун остаётся спорным. Разберём две основные версии, обе имеют право на существование.

Первая версия связывает прозвище с древнерусским словом «кишка» в значении «брюхо, желудок». Так могли прозвать человека с хорошим аппетитом или просто полного, упитанного. В крестьянском быту полнота не считалась недостатком — напротив, она говорила о здоровье и достатке, о том, что хозяин не бедствует.

Вторая версия — украинская. Она выводит прозвище из слова «кiшка» (кошка). Но не думайте, что Кишкуном называли любителя кошек. В старину так именовали кошкодавов — бродячих торговцев мелким товаром, которые разъезжали по деревням и выменивали у крестьян кошек. Кошачьи шкурки шли на дешёвый мех. Впрочем, слово могло получить и переносное значение — ласковый, льстивый человек, который «мурлычет», добиваясь своего.

Однокоренные прозвища на Руси встречались нередко. В работах Степана Веселовского упоминаются: крестьянин Кишка (начало XV века, Переяславль), а также род Кишкиных (конец XV века, Новгород и Можайск). Василий Иванович Молчанов-Кишкин зафиксирован в 1566 году в Можайске. Фамилия Кишкуновы образовалась от уменьшительной или «удлиняющей» формы того же корня.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Кишкунов — буквально «сын Кишкуна». Говорить о точном месте и времени возникновения фамилии сложно: процесс становления фамилий шёл несколько столетий, и документальные свидетельства по конкретной ветви могли не сохраниться. Ясно одно: перед нами образец живой народной ономастики, где за бытовым прозвищем стоит целый пласт старого быта и промыслов.