Фамилия Кишкинев образована по простой и распространенной модели: к основе прибавили суффикс -ев. Суффикс указывает на принадлежность — буквально «чей?» — и типичен для русских фамилий, возникших от прозвищ или имен, оканчивающихся на согласный или -й. Основа здесь — Кишкин, а она, в свою очередь, восходит к прозвищу или нецерковному имени Кишка.

Корень здесь прозрачный, но неоднозначный. Самое прямое объяснение — от слова «кишка»: так могли прозвать либо тощего, худого человека («одни кишки»), либо, наоборот, обжору или человека с большим животом. В русских говорах слово «кишка» имело и переносные значения: так называли извилистую дорогу, узкий проход или длинный рукав одежды — прозвище могло закрепиться за человеком, жившим в таком месте или носившем необычную одежду. Встречается и версия, что Кишкой называли ребенка, который много плачет и «вытягивает кишки» матери, но это скорее народная этимология.

Фамилия редкая, и её география неширокая. Основной ареал — юг России и Поволжье, особенно Ростовская, Волгоградская области и Краснодарский край. В документах XVII–XVIII веков встречаются однокоренные фамилии Кишкин и Кишков, но форма на -ев (Кишкинев) фиксируется позже, что указывает на её более позднее оформление как фамилии крестьянской или мещанской среды, а не дворянской.

Интересно, что фамилия Кишкинев не попала в массовые списки боярских и служилых родов. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» она не упоминается, что подтверждает её локальный, «низовой» характер. Предки носителей этой фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию по прозвищу отца в эпоху после отмены крепостного права, когда фамилии массово закреплялись за бывшими помещичьими крестьянами. Таким образом, за неблагозвучным, на первый взгляд, корнем стоит простое и живое прозвище, данное по внешности или манере поведения, — без мистики, но с конкретным бытовым смыслом.