Она ведет начало от личного прозвища Кишка. В старину нарицательное «кишка» использовалось не только в современном значении. Оно являлось также синонимом слов «брюхо, желудок». То есть прозвище Кишка мог получить человек, любивший поесть, тот, кто отличался полнотой. Однако прозвище Кишка также могло относиться к профессиональным именованиям, то есть указывать на род деятельности предка. В былые времена кишки животных широко использовали при изготовлении колбас в качестве оболочки, которую начиняли мясом, а потому основатель рода Кишкиных мог быть кулинаром или мясником. Также не исключено, что прозвище Кишка связано с переносным значением слова «кишка» - «излучина, изгиб реки». В этом случае Кишкой прозвали человека, дом которого стоял на излучине реки. По другой версии, Кишка — это производная форма имени Акиндин или Никита, образованная через промежуточные формы Акишка и Никишка. Оба этих имени имеют греческое происхождение и переводятся соответственно как «безопасный» и «победитель». Однокоренные именования встречаются в письменных источниках начиная с XV века. Веселовского упоминаются: крестьянин Кишка (начало XV века, Переяславль), род Кишкиных (конец XV века, Новгород и Можайск) и Василий Иванович Молчанов-Кишкин (1566 год, Можайск). Так и прозвище Кишка закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Кишкина. Прозвище человека закреплялось за его потомками, нередко оформляясь при этом русскими окончаниями принадлежности -ов/-ев, -ин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Кишка, со временем получил фамилию Кишкин. Сведения о представителях фамилии Кишкины содержатся в некоторых архивных источниках. Так, например, в архивных документах Москвы есть запись об инструкторе инженерных войск Александре Николаевиче Кишкине (родился в 1882 году в Курской губернии). Из документов Рязанской области известен Кишкин Андрей Фролович (родился в 1889 году, проживал в селе Песочня Путятинского района Рязанской области). Из людей, прославивших фамилию Кишкины, известен советский ученый в области металловедения Сергей Тимофеевич Кишкин (1906—2002). Он совместно с Н.М. Скляровым разработал и внедрил в производство специальные стали для бронезащиты боевых самолетов. Под его руководством впервые в мире было начато производство литых турбинных лопаток для авиадвигателей. Он создал целое семейство новых сверхжаропрочных сплавов для литья деталей двигателей гражданских и военных самолетов.