Фамилия Кишкина — одна из тех, где за бытовым, почти анекдотичным звучанием скрывается несколько самостоятельных версий происхождения. Самая прямая и очевидная отсылает к прозвищу Кишка. В старину это слово не ограничивалось анатомией: «кишкой» называли и брюхо, и желудок. Отсюда первая версия — прозвище могли дать любителю плотно поесть или полному человеку. Но была и профессиональная сторона: кишки животных шли на оболочку для колбас, поэтому Кишкой могли прозвать мясника или кулинара.

Менее известный, но географически точный вариант связывает прозвище с формой реки. В говорах «кишка» означала излучину, изгиб русла. Дом, стоящий на такой излучине, давал хозяину соответствующее уличное прозвище. Эта версия объясняет, почему фамилия встречается в разных регионах, не обязательно связанных с мясной торговлей.

Отдельно стоит разобрать гипотезу о происхождении от личных имён. Кишка могла быть производной формой от Акиндина (греч. «безопасный») или Никиты («победитель») через промежуточные варианты Акишка и Никишка. Такое сокращение имён — обычная практика для русской ономастики, и в пользу этой версии говорит то, что однокоренные именования фиксируются с XV века. В работах С. Б. Веселовского упоминаются крестьянин Кишка (начало XV века, Переяславль), род Кишкиных (конец XV века, Новгород и Можайск) и Василий Иванович Молчанов-Кишкин (1566 год, Можайск). Двойная фамилия Молчанов-Кишкин указывает, что прозвище уже тогда закреплялось как наследственное.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Кишк- добавился суффикс принадлежности -ин, указывающий на потомка того самого Кишки. В архивных документах встречаются: инструктор инженерных войск Александр Николаевич Кишкин (родился в 1882 году в Курской губернии) и Андрей Фролович Кишкин (родился в 1889 году, село Песочня Путятинского района Рязанской области). Из известных носителей — советский учёный-металловед Сергей Тимофеевич Кишкин (1906—2002). Он совместно с Н. М. Скляровым разработал и внедрил специальные стали для бронезащиты боевых самолётов, под его руководством впервые в мире начали производство литых турбинных лопаток для авиадвигателей, и он создал семейство новых сверхжаропрочных сплавов.