Фамилия Кишкинская образована от прозвища Кишкинский, восходящего к топониму Кишкино. Так называется ряд населенных пунктов, расположенных в России, например, в Московской и Ярославской областях. Название Кишкино, скорее всего, берет начало от неканонического имени Кишка, берущего начало от аналогичного нарицательного со значением «живот, брюхо». Вероятно, именование Кишкинский указывает на место, родом из которого был человек. Так могли назвать выходца из Кишкино. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Кишкино, со временем получил фамилию Кишкинская.