Фамилия Кишковская (женская форма — Кишковская, мужская — Кишковский) звучит как типичная польская или украинская фамилия с суффиксом -ский/-цкий. Такие фамилии в прошлом чаще всего принадлежали шляхте или, в восточнославянском варианте, духовенству. Но не всё так однозначно: в основе лежит не польский дворянский герб, а скорее прозвище или топоним.

Корень «кишк-» может восходить к нескольким источникам. Самый прямой — польское слово «kiszka» (кишка, колбаса). В старопольском языке так называли не только часть пищеварительного тракта, но и блюдо (кровяную колбасу), а также переносно — человека. Прозвище Кишка мог получить либо мясник, либо торговец колбасами, либо человек с длинной худой фигурой — «кишка» в значении «верзила». В украинских говорах «кишка» означала ещё и «рукав реки» или «протока», что могло стать основой для названия села или хутора.

Если фамилия образована от названия населённого пункта, то носитель — выходец из места с корнем «Кишк-». Такие топонимы есть в Польше (Kiszki, Kiszkowo) и на Западной Украине. Тогда фамилия Кишковский/Кишковская — типичный «дворянский» патроним, указывающий на владение землёй или происхождение из этой местности. Однако в Российской империи фамилии на -ский нередко давали выпускникам духовных семинарий. Семинаристы получали фамилии по названиям сёл, где служили их отцы-священники, или по приходским храмам. Так что предок Кишковской мог быть и сельским батюшкой, и мелкопоместным шляхтичем.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским словом «кыш» (зима) или «кишлак» (зимовье). В этом случае фамилия могла возникнуть на южных рубежах, где смешивались славянские и тюркские говоры, но для этого потребовалась бы сложная цепочка переходов, и данная гипотеза уступает основной — славянской.

В дореволюционных записях фамилия встречается в Волынской, Подольской и Минской губерниях, что подтверждает её западнорусское или польское происхождение. В современной России Кишковские — редкость, чаще они встречаются в Беларуси и на западе Украины. Ударение в фамилии вариативно: в польском варианте — на втором слоге (Кишкóвская), в русском — чаще на втором или третьем.