Фамилия Кишковский — редкий случай, когда географическая привязка оказывается едва ли не главнее этимологии. Если вы ищете её корни, первое, на что стоит обратить внимание — не на слово «кишка», а на топонимы. Фамилия образована по продуктивной модели на -ский, которая в польской, украинской, белорусской и еврейской ономастике указывала на связь с местом: Кишково, Кишки или Кишковичи. Такие названия встречаются в основном на территории современной Польши, Западной Беларуси и Западной Украины. Соответственно, предок носителя фамилии был либо владельцем такого имения (шляхтич), либо выходцем из села с похожим названием.

Словообразовательный разбор прост: основа «Кишк-» плюс типичный суффикс принадлежности -ов- и фамильный суффикс -ский. В польском варианте фамилия могла звучать как Kiszkowski, и тогда ударение падает на второй слог (КишкОвский). В русской адаптации ударение часто смещается на первый слог (КИшковский), что меняет восприятие корня, но не суть.

Что касается самого корня «кишк-», здесь возможны две версии. Первая и самая прямая — от названия села Кишки, которое, в свою очередь, могло произойти от прозвища Кишка. В старину «кишкой» называли не только орган, но и худого, длинного человека, а также вьющуюся реку или протоку. Вторая версия, менее вероятная, — от тюркского имени или прозвища (ср. «киш» — зима, холод), но для фамилии на -ский это нетипично, так как такие основы обычно дают фамилии на -ов/-ев.

В сословном отношении Кишковские, скорее всего, не были крестьянами. Фамилии на -ский в XVIII–XIX веках закреплялись за шляхтой, духовенством и, реже, за мещанами, переселявшимися из городов с названиями на -ск. Если предок был православным или униатом, он мог происходить из мелкой шляхты Волыни или Подляшья. Если евреем — то из местечка, где фамилию давали по названию ближайшего села или по прозвищу.

В современной России и Украине фамилия встречается редко, что подтверждает её локальное происхождение. В дореволюционных метриках Кишковские фиксируются в Гродненской, Волынской и Минской губерниях. В польских источниках фамилия Kiszkowski известна с XVI века — например, в документах о земельных спорах на Мазовии. Таким образом, если вы Кишковский, ваши предки почти наверняка жили на западе бывшей Речи Посполитой, а сама фамилия — это не про «кишки», а про конкретный хутор или деревню, откуда родом основатель рода.