Фамилия Кишканов образована от прозвища или нецерковного имени Кишкан. Основа восходит к слову «кишка» — в древнерусском языке оно имело не только анатомическое значение, но и переносное: так могли назвать худого, тощего человека, либо того, кто занимался выделкой кишок (например, для колбас или струн). В некоторых говорах «кишка» означала также извилистый ручей или узкий проход — прозвище могло закрепиться за человеком, жившим у такого места.

Суффикс -ан- в основе Кишкан — типичный для русских прозвищных форм: ср. Губан (от «губа»), Лобан (от «лоб»), Пузан (от «пузо»). Такие имена давали по заметной внешней черте или роду занятий. Кишкан — это человек, которого окружающие называли по характерной особенности: либо из-за худобы, либо из-за ремесла.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: Кишкан + -ов, то есть «сын Кишкана». В русской ономастике фамилии на -ов обычно указывают на принадлежность к отцу или главе семьи, закрепившуюся в XV–XVII веках, когда прозвища начали передаваться по наследству.

Географически фамилия Кишканов встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской, Курской и Ростовской областях. Это косвенно подтверждает связь с южнорусскими говорами, где слово «кишка» могло иметь бытовые и промысловые оттенки.

Однокоренные фамилии — Кишкин, Кишков, Кишканенко (украинский вариант) — указывают на ту же основу, но с разными суффиксами. Кишканов отличается от них именно формантом -ан-, что делает прозвище более экспрессивным, «увеличительным»: не просто Кишка, а именно Кишкан — подчеркнуто худой или связанный с кишками человек.

Таким образом, предок носителя фамилии Кишканов, скорее всего, получил прозвище либо по внешности, либо по ремеслу скорняка или колбасника, и уже в XVI–XVII веках это прозвище закрепилось за его потомками как фамилия.