Фамилия Кишканик — редкая, и её разбор требует нестандартного подхода. В ней нет привычных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. Окончание -ик указывает на польское, украинское или белорусское происхождение, где этот суффикс (уменьшительный или указывающий на носителя признака) очень распространён. Основа «Кишкан» — ключ к разгадке.

Скорее всего, прозвище Кишкан дали человеку с какой-то особенностью, связанной с кишками. Прямых значений два. Первое — физическое: так могли назвать человека с большим животом, либо того, кто занимался разделкой туш и имел дело с кишками (мясник, колбасник). Второе, более вероятное — переносное: «кишка» на сленге означала «трусливый, слабый человек» (от «кишка тонка»). Прозвище Кишкан могло закрепиться за нерешительным или, наоборот, за тем, кто любил поесть.

Искать прямые аналоги среди славянских фамилий стоит. В польском языке есть фамилия Kiszkiel (Кишкель) и Kiszka (Кишка). В украинском — Кишка, Кищенко. Фамилия Кишканик — это, скорее всего, её восточнославянская адаптация с добавлением уменьшительного или «профессионального» суффикса -ик, что превращает прозвище в фамилию, указывающую на потомка Кишкана.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и украинским землям, где были сильны польские влияния. Встречается она и у евреев-ашкеназов, где могла быть образована от того же корня (кишка) или от идишского «кишке» (внутренности), но в любом случае — от прозвища. Сословно носители фамилии, скорее всего, были мещанами или крестьянами — людьми, чьи прозвища легко приживались в быту.