Фамилия Кишканова — женская форма, мужская — Кишканов. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Кишкан, которое образовано от слова «кишка». В русских говорах у этого слова было несколько значений, не обязательно связанных с анатомией. В северных и сибирских диалектах «кишкой» называли извилистый, узкий проток реки, рукав, а также длинный и узкий овраг. Человек, живший у такого места, мог получить прозвище Кишка. Суффикс -ан- в русской антропонимии часто придаёт прозвищу оттенок увеличительности или просто фиксирует его как устойчивое имя: Кишкан — тот, кто имеет отношение к «кишке», либо просто носитель прозвища Кишка с характерным диалектным окончанием.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркскими языками. В татарском и башкирском есть слово «кишкән» — «отрезанный», «отрубленный». В этом случае прозвище могли дать человеку с физическим недостатком (например, без пальца) или, в переносном смысле, оторванному от семьи. Однако для фамилии Кишканова, распространённой в центральной России, славянская версия выглядит убедительнее.

Фамилия фиксируется в нескольких регионах, но заметно чаще встречается в Рязанской, Тамбовской и Нижегородской областях. В этих местах слово «кишка» в значении «речная протока» или «заливной луг» было в ходу, что подтверждает топонимическую версию происхождения. В писцовых книгах XVII века встречаются крестьяне с прозвищем Кишка, а форма Кишкан могла быть её патронимическим производным: «сын Кишки».

Суффикс -ов- в фамилии указывает на принадлежность: Кишканов — буквально «сын Кишкана». Это типичная модель для русских фамилий, сформировавшихся в среде крестьянства и служилых людей в XVI–XVII веках. Таким образом, предок носительницы фамилии Кишканова, скорее всего, был человеком, жившим у излучины реки или на узком заливном лугу, и это природное окружение закрепилось за ним как прозвище, а затем и как фамилия.