Фамилия Кишкарева — женская форма от Кишкарев, а та, в свою очередь, образована от прозвища Кишкарь. Вопреки возможной ассоциации с внутренними органами, корень здесь чаще всего связан с глаголом «кишковать» — потрошить рыбу. В северных и поволжских говорах кишкарём называли рыбака, который занимался разделкой улова, или торговца солёной и вяленой рыбой. Прозвище было профессиональным и довольно точным: в среде поморов и рыбаков на Волге оно встречалось нередко.

Менее вероятная, но допустимая версия выводит основу из диалектного слова «кишка» в значении «котёнок» или «щенок». В таком случае прозвище Кишкарь могли дать маленькому, юркому или вертлявому человеку. Однако профессиональная этимология выглядит убедительнее: фамилии от названий ремёсел в русской ономастике встречаются в разы чаще, чем от зоологических метафор такого рода.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Кишкарев — сын Кишкаря. Форма на -а типична для русских женских фамилий, но в данном случае окончание не меняет смысла — это всё та же «принадлежащая роду Кишкаревых». Фамилия редкая, её географическое ядро, судя по разрозненным данным, тяготеет к регионам с развитым рыбным промыслом — Архангельской, Астраханской областям и Карелии.

В дворянские родословные книги фамилия не попала: её носители, скорее всего, происходили из крестьян или мещан. В дореволюционных метрических книгах Кишкаревы встречаются спорадически, а массово фамилия стала фиксироваться лишь в советское время, когда паспортизация закрепила за людьми то, что раньше жило в устной традиции.