Фамилия Кишкан — редкий случай, когда географический след оказывается едва ли не важнее, чем разбор корня. В русском языке слово «кишка» очевидно, но фамилия с таким окончанием и ударением (на второй слог) почти не встречается в центральной России. Зато она плотно сидит на юго-западе: в Молдове, на Украине, в Бессарабии и у гагаузов. Поэтому первая версия — не русская, а тюркская или румынская.

В тюркских языках (гагаузском, турецком, крымскотатарском) слово «kışkan» означает «завистливый» или «ревнивый». Это прямое прозвище по черте характера: так могли назвать человека, который остро переживает чужой успех или не делится своим. Прозвище цепкое, и в среде кочевников или сельских общин оно легко закреплялось за родом. В пользу этой версии говорит и окончание: фамилии на -ан у тюрок — распространённая модель (ср. Коджан, Мазан, Чабан).

Вторая версия — румынская/молдавская. Румынское «chișcă» (кишка) или «chișcan» — уменьшительное от «кишка». Но здесь скорее речь не об анатомии, а о ремесле: кишкан — тот, кто делает колбасы, обрабатывает кишки (кишечник). В Молдове и на Буковине это было распространённое прозвище мясников или колбасников. Фамилия Кишкан в румынском написании (Chișcan) встречается в архивных записях XIX века.

Третья, менее вероятная, но возможная версия — от древнерусского имени Кишко (Кишка) с суффиксом -ан, как в фамилиях Гайдан, Хвастан. Но тогда форма должна была бы быть Кишкин, а не Кишкан. Суффикс -ан в русских фамилиях встречается редко и чаще в прозвищах (Горлан, Кричан), так что эта гипотеза слабее.

Ударение в фамилии обычно падает на второй слог: Кишкáн. В русском языке безударное окончание -ан часто перетягивает ударение на себя, но носители южных говоров и молдаване сохраняют исходное ударение.

География фамилии сегодня: Молдова, Одесская область Украины, Гагаузия, а также среди молдавских диаспор в России и Канаде. В русских переписях XVII–XVIII веков фамилия не фиксируется. Это значит, что предки Кишканов попали в Российскую империю поздно, скорее всего, после присоединения Бессарабии в 1812 году.

Так что если вы Кишкан и ищете корни — смотрите в сторону юга: Гагаузия, Буджак, Измаильский уезд. Скорее всего, ваш предок был либо человеком с непростым характером (завистливым или ревнивым), либо колбасником. Оба варианта — живые, не книжные.