Фамилия Кишкурнова — редкая и по-своему загадочная. Её основа — слово «кишкур» — не встречается в современных словарях в качестве самостоятельного существительного, но хорошо прослеживается в родственных фамилиях (Кишкурно, Кишкурин) и географических названиях. Скорее всего, в основе лежит прозвище, образованное от диалектного глагола или существительного, связанного с кишением, движением или, напротив, с чем-то мелким и суетливым. В некоторых южнорусских и украинских говорах «кишк» или «кишка» означало не только часть кишечника, но и узкий проход, извилистую тропу, а также нечто тонкое и длинное. Человек с прозвищем Кишкур мог быть худым и вертлявым, либо живущим в тесном переулке, либо занимавшимся ремеслом, связанным с верёвками или кишками (например, колбасник или шорник).

Фамилия образована по типичной восточнославянской модели: прозвище Кишкур (или, возможно, Кишкурн) плюс суффикс -ов, который указывает на принадлежность: «сын Кишкура». Женская форма Кишкурнова закрепилась за потомками этого человека. Интересно, что суффикс -ур в прозвищах нечаст, он может придавать слову оттенок пренебрежительности или, наоборот, ласкательности (сравните: мальчуган, кучерявый). Это говорит о том, что прозвище было не официальным, а бытовым, деревенским.

Географически фамилия тяготеет к зоне перехода от русского севера к югу: её носители встречаются в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также на востоке Украины (Сумская, Харьковская области). Это регионы, где активно смешивались говоры и где прозвища часто образовывали от местных диалектизмов. В документах XVIII–XIX веков фамилия могла записываться как Кишкурнов, Кишкурнев, а в устной речи — с ударением как на последний, так и на первый слог.

Версия о том, что фамилия восходит к тюркскому корню, маловероятна: звукосочетание «киш» в тюркских языках обычно означает зиму или мех, что семантически не стыкуется с русским суффиксом -ур. Поэтому более правдоподобно видеть в Кишкурнове потомка человека, получившего прозвище за внешность или род занятий — скорее всего, небогатого крестьянина или ремесленника из южнорусских или слобожанских земель.