Фамилия Кирковы, как и многие русские фамилии, образована от личного прозвища Кирка. Самая правдоподобная версия связывает её с церковной жизнью. В основе лежит немецкое слово Kirche — «церковь». Так могли прозвать человека, который жил рядом с храмом или служил при нём. Эта гипотеза сильна тем, что слово «кирха» (лютеранская церковь) прочно вошло в русские говоры северо-западных областей, где исторически было много немецкого и финского влияния.

Есть и другая, более прозаичная версия: от слова «кирка» — ручной инструмент для земляных и каменных работ. В этом случае Киркой называли каменотёса, землекопа или рудокопа. Третья версия — сокращение от имени Кирилл (греч. «господин, владыка»). Краткая форма Кирка в быту была обычной: так звали человека, чтобы не произносить полное имя каждый раз.

Интересно, что фамилия Кирковы — не единственная в этом ряду. Однокоренные Киркин, Кирковский, Кирюхин идут от того же корня, но с разными суффиксами. Суффикс -ов в фамилии Кирков указывает на типичную восточнославянскую модель: «чей?» — «Кирков», то есть сын или потомок Кирки. Процесс закрепления таких фамилий шёл в XV–XVII веках, но точное место и время появления именно Кирковых установить трудно: прозвище могло возникнуть в любой губернии, где звучала немецкая «кирха» или работали с киркой.