Фамилия Киркин образована от прозвища Кирка. Скорее всего, оно связано с нарицательным «кирка», то есть мотыга. Очевидно, Киркой называли человека, который использовал этот инструмент для земляных, огородных или каменных работ. В этом случае прозвище относится к «профессиональным» именованиям, указывавшим на род занятий предка. Такой вариант самый прямой и логичный: инструмент был в ходу у каменщиков, землекопов и крестьян, обрабатывавших тяжёлую почву.

Словообразовательная модель здесь проста: суффикс -ин указывает на принадлежность. Фамилии на -ин в русском языке образуются от основ на -а, -я. То есть Киркин буквально означает «сын Кирки» или «человек из рода Кирки». Это типичная патронимическая или прозвищная модель, распространённая в северных и центральных областях России.

Согласно другой версии, менее правдоподобной, в основе фамилии лежит краткая форма крестильного имени Кирилл — Кирка. Само имя имеет греческое происхождение и переводится как «господин, владыка». Однако против этой гипотезы говорит то, что краткие формы от Кирилла обычно звучали как Киря, Кирилка. Форма Кирка для этого имени редка и скорее характерна для украинской или белорусской традиции, где «и» могло переходить в «ы» (Кирилл → Кырыло → Кирка). Но для великорусской среды, где фамилия Киркин встречается чаще, ремесленное прозвище остаётся основным объяснением.

В ономастике фамилию Киркин нередко сравнивают с однокоренными: Кирков, Киркин, Кирюхин. Все они могут восходить к разным основам, и путаница здесь не редкость. Но именно форма с суффиксом -ин и корнем «кирк» устойчиво привязана к инструменту, а не к имени.

Таким образом, потомок человека, которого в быту прозвали Киркой за работу с мотыгой, со временем получил фамилию Киркин. Никакой тайны или спора здесь нет: профессиональное прозвище — самое надёжное объяснение.