Фамилия Кисибекян — верный признак армянского происхождения. На это указывает типичный патронимический суффикс -ян (в старой орфографии — -янц), который означает «принадлежащий к роду» или «потомок». В русской традиции такие фамилии часто передавались без перевода, сохраняя исходное звучание.

Основа фамилии — личное имя Кисибек. Это сложное слово, состоящее из двух частей: Киси- и -бек. Первая часть, скорее всего, восходит к тюркскому или персидскому слову «киси» (человек, мужчина), которое в армянском языке могло закрепиться как компонент имени. Вторая часть — «бек» — тюркский титул, обозначающий князя, господина или предводителя. В армянских фамилиях такие титульные элементы встречаются нередко, особенно в регионах, где армяне веками жили в соседстве с тюркскими народами (например, в Западной Армении, ныне на территории Турции).

Таким образом, имя Кисибек можно истолковать как «господин-человек» или «князь-мужчина», что звучит как прозвище или статусное имя, данное предку. Сама фамилия Кисибекян буквально означает «потомок Кисибека». Носители такой фамилии, вероятно, происходят из региона, где армянский язык смешивался с тюркскими влияниями — например, из исторических областей Васпуракан или Сюник, а также из районов современной Турции (Карс, Эрзурум). В XIX — начале XX века многие армяне с такими фамилиями переселились на юг России, в Краснодарский край, Ставрополье и Ростовскую область.

Встречается также вариант написания Кисибекянц — более архаичная форма, указывающая на родовую принадлежность. В современной России фамилия редкая, но встречается в армянских диаспорах. Известных носителей, оставивших след в истории, в открытых источниках не зафиксировано, что не умаляет её ценности как маркера сложного этнического и языкового прошлого.