Фамилия Кислаковская — женская форма на -ская, указывающая на происхождение от топонима (названия места). Родовое мужское окончание — Кислаковский. Такая модель типична для польской, украинской и белорусской шляхты, а также для русских фамилий духовенства, которые нередко образовывали от названий сёл или приходов. В основе фамилии лежит корень «кисл-», который в славянских языках имеет два значения: прямой — «кислый на вкус» и переносный — «унылый, недовольный, плаксивый» (ср. «кислая физиономия»).

Скорее всего, фамилия образована от названия населённого пункта вроде Кислаки, Кислаково или Кислаковка. Такие топонимы встречаются на западе и юге России, в Беларуси и на Украине. Например, в Полтавской области есть село Кислаковка, в Тверской области — деревня Кислаково. Жителей этих мест называли «кислаковцами», а их потомки, переезжая, получали фамилию по месту выхода. Менее вероятная, но возможная версия — прозвищное происхождение: предок мог получить уличное прозвище Кислак (от «кислый» — угрюмый человек или, по другой версии, любитель квашеного), и уже от него образовали фамилию с типичным польско-шляхетским суффиксом -овский.

Суффикс -ск- в русских фамилиях часто указывает на более высокое социальное положение, чем простые -ов или -ин. В XVIII–XIX веках такие фамилии активно давали семинаристам и священникам: если выпускник духовной семинарии не имел родовой фамилии, ему могли присвоить фамилию по названию его родного села или по церковному празднику. Поэтому носители фамилии Кислаковский могли быть как потомками польской или украинской шляхты, так и выходцами из духовного сословия.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Кислов, Кисляков, Кислин — показывает, что Кислаковская стоит особняком: она не от имени или прозвища напрямую, а от географического названия с уменьшительным суффиксом -ак-. Это редкий случай, когда корень «кислый» получает не бытовую, а топонимическую окраску. Фамилия не слишком распространена, встречается в основном в западных регионах бывшей Российской империи и среди потомков эмигрантов.