Фамилия Кисняшкина образована от прозвища или нецерковного имени Кисняшка. В основе лежит глагол «киснуть» или прилагательное «кислый». В русских говорах «кисляй», «кислятина» и подобные слова часто давали прозвища людям с вялым, медлительным характером или тем, кто любил кислую пищу, — например, квас, щи или мочёные яблоки. Здесь мы видим суффикс -яшк-, который в северных и центральных говорах придавал прозвищу оттенок ласкательности или иронии: Кисняшка — «кисленький», «тот, кто всё время киснет».

Фамилия — женская форма (Кисняшкина), мужской вариант — Кисняшкин. Она относится к типичной модели русских фамилий на -ин: так называемые «патронимические» фамилии, которые в старину образовывали от прозвищ с конечным -а или -я: Кисняшка → сын Кисняшкин → дочь или жена Кисняшкина. Такая модель широко бытовала на Русском Севере, в Поволжье и в Сибири, куда переселенцы приносили свои говоры.

Фамилия редкая и географически привязана к центральным и северо-восточным областям России. Встречается, например, в Костромской и Нижегородской областях. В дореволюционных переписях носители Кисняшкины могли числиться среди крестьян или мещан — прозвища с бытовым корнем редко давали дворянам. Сравните с однокоренными фамилиями: Кислов, Кислицын, Кисляков. У них общая основа «кислый», но разные суффиксы, а у Кисняшкина — более редкая и местная форма.

Альтернативная версия связывает прозвище с диалектным словом «кисня» — так в некоторых говорах называли вид гриба или болотистую почву. Но это менее вероятно: суффикс -яшк- типичен именно для личных прозвищ, а не для предметных названий. Так что скорее всего предок носительницы фамилии получил своё прозвище за характер или кулинарные пристрастия.