Фамилия Кисурин — одна из тех, что построена по простой и прозрачной модели: прозвище плюс суффикс принадлежности. В её основе лежит прозвище Кисура. Так в русских говорах ласково называли кошку. Слово «кисура» — уменьшительно-ласкательная форма от «киса» или «киска», и в этом смысле фамилия Кисурин попадает в разряд «кошачьих» фамилий, куда входят, например, Кошкин или Котов.

Прозвище Кисура могли дать человеку по разным причинам. Чаще всего — за мягкий, ласковый нрав, за хитрость или независимость, которую в народе приписывали кошкам. Но нередко так называли любимого ребёнка, домашнего баловня. В дохристианской традиции имена и прозвища от названий животных имели охранительный смысл: родители верили, что, назвав сына Кисурой, они передадут ему жизненную силу и повадки зверя, а природа будет считать ребёнка «своим» и защитит от бед. Со временем прозвище закрепилось за потомками, и они стали Кисуриными.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Кисурин, то есть сын Кисуры. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а. Географически фамилия редкая, встречается в основном в центральных и северных областях России, но точных данных о её локальном гнезде нет.