Фамилия Кисурина отсылает нас к прозвищу Кисура — ласковому названию кошки. В основе лежит корень «кис-», тот же, что в звукоподражательном «кис-кис» и в слове «киска». Суффикс «-ур-» в русских прозвищах встречается нечасто: он придаёт уменьшительно-ласкательный оттенок, как в словах «мишура» или «пантура». Поэтому Кисурой могли звать не просто кошку, а домашнюю любимицу, ласковое существо.

Прозвище Кисура давали и человеку. Скорее всего, так называли ребёнка — нежного, хитрого или независимого, с кошачьей повадкой. Дохристианская традиция именовать детей по животным и растениям была распространена у славян: считалось, что через имя природа принимает младенца как своего и передаёт ему качества зверя. Кисура в этом ряду — один из «кошачьих» вариантов, наряду с Котом, Кошкой, Котиком.

Фамилия образована по стандартной модели: прозвище на -а → фамилия на -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Кисурин, то есть сын или потомок Кисуры. Такая модель типична для северных и центральных областей России.

Родственных фамилий немного: Кисурин, Кисуркин, Кисуренко (украинский вариант). Все они редки. Встречаемость фамилии Кисурин по переписям невысока, что говорит о локальном бытовании прозвища — возможно, в одной-двух губерниях.

В словарях русских фамилий Кисурин не упоминается, например, у Б. Унбегауна её нет. Это подтверждает, что фамилия либо поздняя, либо узкорегиональная. Тем не менее, её прозрачная внутренняя форма — от «кисура» — не оставляет сомнений в происхождении.