Фамилия Кицилинский — редкий пример, где географическая привязка перевешивает прозвищную или профессиональную основу. Судя по структуре, это типичная фамилия польско-украинского или белорусского происхождения, образованная по модели «название места + суффикс -ский». Формант -ский (в женском роде -ская) в XVI–XVIII веках был признаком шляхетского сословия: так оформляли фамилии дворяне, владевшие землёй или жившие в определённом поместье. Однако со временем этот суффистр распространился и среди крестьян и мещан, особенно на территории Речи Посполитой.

Корень фамилии — «Кицилин» или «Кицилино». Скорее всего, это название населённого пункта: села, хутора или урочища. В польских и украинских топонимах часто встречаются формы вроде Kicylin, Kicylino, Kiciliń. Основа «Кицил-» может восходить к древнепольскому слову kic — «заяц» (сравните современное польское królik — кролик, но в диалектах kic означало зайца). Суффикс -ин указывал на принадлежность: «заячье место» или «земля, где водятся зайцы». Вторая версия связывает корень с личным именем-прозвищем Кицила — от глагола «кицать» (в диалектах — «кидать», «бросать»), то есть прозвище мог получить человек с резкими, порывистыми движениями. Но топонимическое объяснение правдоподобнее: фамилии на -ский редко образуют напрямую от прозвищ, чаще — от географических названий.

Если искать конкретные прототипы, на картах современной Польши есть деревня Кицилины (Kicyliny) в Подляском воеводстве, а в Беларуси — хутор Кицилин в Гродненской области. Именно оттуда, вероятно, и вышли носители фамилии. В дворянских родословных книгах Российской империи фамилия Кицилинский не зафиксирована — это говорит о том, что род, скорее всего, относился к мелкой шляхте или однодворцам, либо к свободным крестьянам, которые после разделов Речи Посполитой оказались под властью Российской империи и сохранили фамилию в форме с -ский.

Ударение в фамилии, судя по польской фонетике, падает на второй слог: Кици́линский. В русской среде иногда смещают на третий (Кицили́нский) — это вариант, но не первоначальный. Фамилия встречается крайне редко: по базам открытых данных, в России её носит не более нескольких десятков человек, в основном в западных областях и в Москве. За пределами бывшего СССР фамилия почти не фиксируется, что подтверждает её узколокальное происхождение.