Фамилия Кицишен — редкая и неоднозначная по происхождению, что делает её особенно интересной для этимологического разбора. В ней слышен иноязычный корень, а не типичная славянская основа, поэтому первое, что бросается в глаза, — это её нетипичное для русских фамилий окончание на -ен. Такое окончание часто указывает на западнославянское или, реже, на искусственное книжное происхождение, но в данном случае оно может быть русифицированной формой польской фамилии.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию Кицишен с польским глаголом kicać — «скакать», «прыгать». В польском языке это слово часто описывает манеру движения зайца или мелкую, быструю походку человека. Соответственно, прозвище Кица (или Кициш) могли дать человеку подвижному, верткому, ловкому. Не исключено, что прозвище относилось к любителю верховой езды — тому, кто «скачет» на коне. Суффикс -ен в фамилии — это, скорее всего, адаптация польского суффикса принадлежности, который в русском языке превратился в -ен (как в фамилиях типа Захарченко, но здесь иная модель).

Вторая гипотеза, менее распространённая, но имеющая право на существование, выводит фамилию из еврейской среды. В немецких диалектах есть слово Kieze — «корзина». Если предок носителя фамилии был корзинщиком, его могли прозвать Кице или Кициш, а затем, при переходе в восточнославянскую среду, фамилия получила окончание -ен, характерное для украинских и белорусских фамилий (ср. Кицишен — «чей?» — «сын корзинщика»). Эта версия объясняет профессиональное происхождение, но уступает первой по частотности и логике словообразования: польский корень даёт более прямую и естественную модель для прозвища.

Таким образом, с высокой долей вероятности фамилия Кицишен — западнославянская, образованная от прозвища, характеризующего подвижность или манеру движения человека. Если же опираться на гипотезу о ремесле, то перед нами фамилия-профессия, связанная с плетением корзин. Выбрать одну из версий окончательно можно только при наличии точных генеалогических данных (например, записи о месте проживания первых носителей), но лингвистически первая версия выглядит убедительнее.