Фамилия Китухина — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Китухин. Её происхождение неочевидно, но разбор по модели образования сужает круг поиска. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Китухин, то есть сын Китухи. Значит, ядро фамилии — прозвище или нецерковное имя Китуха.

Здесь и начинается главная загадка. Слово «китуха» не фиксируется в словарях русского литературного языка как распространённое. Вероятнее всего, это диалектное или местное прозвище. Напрашивается связь с «кит» — крупное морское животное, но для русской деревни, где формировались фамилии, такой образ маловероятен: китов крестьяне не видели, и прозвище от него давали бы разве что очень крупному человеку, но тогда ожидалась бы форма «Китов» или «Китин».

Более правдоподобна версия, что основа кит- восходит к глаголу «китать» — в некоторых северных и сибирских говорах так означало «бросать, метать, швырять» (ср. «кидать»). Тогда Китуха — человек, который кидается, суетливый, порывистый, или, наоборот, тот, кто ловко бросает что-то (например, сети, камни). В ономастике известен принцип: прозвища от глаголов часто давали по характерному действию. Сравните фамилии Кидалов, Кидаев — они того же корня.

Есть и менее вероятная, но допустимая версия: связь с тюркским словом «кит» (кыт) — «задняя часть», «край» или с именем Кит (встречается у татар и башкир). Однако фамилия по звучанию и суффиксу — типично русская, северная или восточная (суффикс -ух- характерен для прозвищ в новгородских, вятских, архангельских землях). Так что географически Китухины, скорее всего, из тех краёв, где «китают» — то есть бросают, а не из тех, где плавают киты.

В итоге: фамилия Китухина означает «дочь или жена Китухина», а сам Китухин — потомок человека по прозвищу Китуха, которое, по всей видимости, описывало его манеру поведения или род занятий, связанный с бросанием, метанием.