Фамилия Китушкина — женская форма от Китушкин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Китушка. В русской ономастике суффикс -ушк- в основе фамилии — нестандартный ход. Обычно он встречается в уменьшительно-ласкательных формах имён (Маринушка, Ванюшка) или в названиях предметов (катушка, игрушка). Здесь же он застыл в прозвище, что указывает на его бытовое, неофициальное происхождение: так могли называть человека в семье или в тесном кругу.

Корень «кит» сразу отсылает к морскому млекопитающему, но это, скорее всего, позднее и вторичное значение. В диалектах русского языка слово «кит» могло означать нечто крупное, массивное или, наоборот, служить шутливым прозвищем для человека грузного, медлительного. Однако есть и другая, более правдоподобная версия: прозвище Китушка могло произойти от канонического имени Акит (редкая форма от Иоаким) или от тюркского имени Кит (встречается у поволжских народов). В таком случае суффикс -ушк- — чисто русская адаптация, превращавшая иноязычное имя в привычное для слуха прозвище.

Географически фамилия Китушкин редкая и тяготеет к центральной России, изредка встречается в документах по Тверской и Ярославской областям. В XIX веке носители этой фамилии числились в основном среди крестьян и мещан, что подтверждается ревизскими сказками: никакого дворянского или купеческого следа не прослеживается. Суффикс -ин стандартно указывает на принадлежность: «чей?» — Китушкин, то есть сын или потомок Китушки.

Спорных версий немного. Иногда фамилию пытаются связать с «кит» как с заимствованием из голландского или немецкого (морская лексика), но для крестьянского прозвища это маловероятно. Правдоподобнее всего — либо шутливое прозвище по внешности, либо адаптация редкого крестильного имени.