Фамилия Китушкин — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а звукоподражательное прозвище. Она образована по стандартной русской модели отчества: суффикс -ин указывает на принадлежность «сыну Китушки». Само слово «китушка» — это диалектный вариант глагола «китюкать», то есть подзывать кур звуками «кить-кить». В южнорусских говорах, особенно в курских и орловских областях, так называли человека, который постоянно покрикивал на кур, либо самого завзятого птицевода. Прозвище закреплялось за тем, кто держал много домашней птицы или работал с ней — например, за дворовым работником, пастухом или мелким торговцем яйцами и живностью.

Словообразовательная цепочка здесь необычна: от междометия «кить» появился глагол «китюкать», от него — прозвище Китушка (с суффиксом -ушк- как уменьшительно-ласкательным, но в прозвище он придавал скорее ироничный оттенок), и лишь затем — фамилия Китушкин. Сравните с однокоренными фамилиями Китухин, Китунов — все они восходят к тому же птичьему корню, но с разными суффиксами. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на первый слог: Китýшкин, хотя в некоторых говорах могли произносить и на второй.

В дореволюционных переписях эта фамилия почти не встречается за пределами Центрального Черноземья. Наиболее плотный след оставили крестьяне Тамбовской и Воронежской губерний — там «китюканье» было в ходу до середины XX века. В списках однодворцев (особого сословия, близкого к мелкопоместным дворянам) Китушкины изредка попадаются, но в целом фамилия оставалась крестьянской, не поднимаясь выше мещанства. Никакой связи с тюркскими или финно-угорскими корнями нет — это чисто русское, бытовое прозвище, выросшее из курятника.