Фамилия Кижицкая — женская форма фамилии Кижицкий, и её происхождение почти наверняка связано с географическим названием. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев или -ин, суффикс -ский/-цкий указывает на дворянское или шляхетское происхождение: такую модель в XVI–XVII веках активно использовали поляки, украинцы и белорусы, а затем и русские дворяне, получавшие фамилии по названию родового поместья.

Основа «Кижиц-» восходит к названию населённого пункта. Наиболее вероятный кандидат — село или местечко Кижицы (варианты: Кижице, Кижичи). Такие топонимы встречаются в западных регионах бывшей Речи Посполитой — на территории современной Беларуси и Украины. Например, в Волынской области есть село Кижицы, а в Польше — несколько деревень с корнем Kżyce или Kżyczki. Первый носитель фамилии Кижицкий — это, скорее всего, шляхтич, владевший землёй в таком месте, или человек, переселённый оттуда и получивший прозвание по прежнему месту жительства.

Возможна и более редкая версия: от прозвища «Кижица» — так в некоторых говорах называли кистень или небольшую дубину. Но эта гипотеза слабее, потому что суффикс -ский нехарактерен для прозвищных фамилий простолюдинов: крестьянам и горожанам обычно давали фамилии на -ов или -ин. Если бы человек получил прозвище Кижица, его дети стали бы Кижицыными, а не Кижицкими.

Фамилия Кижицкая — редкая. В современных базах данных она встречается в основном у носителей из Центральной России и Украины, причём часто с ударением на первый слог: Ки́жицкая. Написание с мягким знаком (Кижицкая, а не Кижицкая) — нормативное для русского языка, хотя в старых метрических книгах могли писать и «Кижицкая» с буквой «и» после «ц». Разница в написании не меняет этимологии.